《通知》明确，按病种收费标准包含患者住院期间发生的诊断与治疗等全部费用，即患者入院，按病种治疗管理流程接受规范诊疗最终达到临床疗效标准出院，整个过程中所发生的诊断、治疗、手术、麻醉、护理、床位、药品及医用耗材等各项费用。医院按此标准收费，医保和患者按规定比例付费。
按规定列入“除外内容”的耗材，以及患者自愿选择单人间、双人间以及特需病房，其床位费超出普通病房标准的部分可单独进行收费，这两部分不计入病种收费标准。除此之外，医院不得另收其他费用。
而首批次按病种收费实行差别化的收费政策，分A、B两档确定收费标准，以促进分级诊疗。其中：A档医院包括省立医院（含南院）、协和医院、附一医院、福州总医院、省肿瘤医院、省妇幼保健院、省人民医院和省第二人民医院；其他省属医院为B档。
而关于医保支付政策方面，《通知》明确：
1.参保人员在定点医疗机构发生的列入按病种收费管理的病种费用，医保按照该病种收费标准结算，不设起付线，由个人和统筹基金按比例分担。
2. 按病种收费管理规定可另行收费的医保目录内医用耗材费用，纳入医保支付范围，医保结算不设起付线，在设定的最高支付限额以内的费用，由个人和统筹基金按比例分担。
3. 对患者自愿选择单人间、双人间以及特需病房，其床位费超出普通病房标准的部分，不计入病种收费标准，由患者自行支付。
4.列入按病种收费管理的病种费用和可另行收费的医保医用耗材费用（最高支付限额内），全额纳入医保费用累计范围。符合职工大额医疗费用补充保险、城乡居民大病保险支付政策，以及符合医疗救助补助政策的医疗费用，继续按相关规定执行。
5.各统筹区按规定转诊到省属公立医院就诊的参保患者，其医保结算标准由各统筹区另行制定，同步实施。
关于病种的退出机制，《通知》介绍，因合并症、并发症或患者病情较重、体质特殊等原因，导致实际发生医疗费用明显偏离病种收费标准的病例，医院可按规定程序退出按病种收费，仍按原收费方式结算，各病种退出率严格控制在15%以内。考虑省老年医院、省级机关医院以及支气管肺炎病种患者年龄结构较为特殊，这两家医院以及支气管肺炎病种的退出率允许控制在20%以内。
《通知》表示，实施按病种收费改革，是改革医院现行收费和医保支付制度、有效控制医疗费用、缓解群众看病贵的一项重要措施，各省属医院要充分认识按病种收费改革的重要意义，高度重视，加强政策宣传引导，认真、耐心回应患者关切的问题，取得患者及家属的理解、配合和支持，确保按病种收费工作的顺利实施。
该通知自2017年4月1日起实施。
