创新是企业转型升级的源泉，石药集团从成立之初就把研发新药作为发展的重要武器，为了适应市场需求，保障我国药业战略安全，石药集团将老产品提质增效作为企业做大做强有效阵地。
在医药领域开拓更大的市场，为保障我国药业战略安全作贡献，满足国人防病治病的用药需求，是石药集团一直追求的梦想。
2013年初，石药集团的“马来酸左旋氨氯地平(商品名：玄宁)原料与制剂及产业化应用”项目获得国家技术发明奖二等奖，这是该企业继2011年丁苯酞(商品名：恩必普)原料与软胶囊获得国家科技进步二等奖以后，短短3年内第二次获得国家科学技术奖励，在国内制药企业中绝无仅有。蔡东晨说：“石药集团把创新驱动作为企业发展的灵魂，全力以赴抓突破，力求打造一个让国人信任、让世界认可的争气药业。”
石药集团在上世纪90年代成立伊始就把以新药开发作为企业生存发展的根本。他们先后建立起博士后科研工作站、国家级企业技术中心、“863计划”高技术产业化基地、药物制剂及释药技术国家重点实验室等。石药集团新药开发最为成功的案例莫过于投资3.5亿元开发出的脑卒治疗新药“恩必普”，一上市就被世界权威机构公认为该领域全球领先的药物，开创了向美、韩国家转让药品知识产权的先例。
多年来，石药累计申请国内专利351件，授权175件;申请PCT专利合作条约专利21件。石药集团目前正在研发的新药项目有170多项，包括国家一类新药项目25个。
“十一五”以来的10年中，石药集团共投入8亿多元资金用于企业技术改造。先后联合清华大学、天津大学等21家产学研单位成立了“中国抗生素创新战略联盟”和“中国维生素产业技术创新战略联盟”，通过整合社会研发力量，不断推动企业乃至行业的技术改造和升级。这些行之有效措施的实施，帮助企业降本增效。在头孢中间体和阿莫西林的生产中，采用先进酶法工艺代替原有的化学裂解法工艺，不仅使得整个工艺流程跳出了环境污染，同时还使单位成本降低30%以上。让人感到振奋的还有他们通过应用基因工程技术，成功改良了抗生素生产工艺，在物耗劳动基本不变的情况下，使抗生素产出率一下提高了114%。
在医药行业，“没有标准认证，产品寸步难行”。石药所突出的第三项创新就是“认证”。在制造设施、管理体系等各方面与国际高端标准对标。在企业认证方面，早在“十五”时期，石药就建立了完备的三级质量管理体系，所有下属企业都通过了ISO9000、OHSAS18000和ISO14001认证，而全集团共有39条生产线一次性通过新版GMP认证，数量位居国内制药企业首位。
在国际认证方面，石药通过在发达国家建立销售公司、寻求合作伙伴等形式，截至目前已先后取得了12张CEP证书和27个DMF登记号，有4个产品分别通过欧盟或其成员国的现场检查;此外，还有美洛昔康片等9个品种通过了美国FDA认证检查。石药集团创新药“恩必普”也在全球86个国家受到专利保护，标志着其药品质量已实现了与国际先进水平实现对接。
如今，石药产品销售遍及全国各地及世界60多个国家和地区，有30个产品单品种销售额突破亿元，年出口创汇保持在5亿美元左右。产品的畅销带来了企业经济效益的稳步攀升，2012年企业完成不含税销售收入164亿元，利润、利税、上缴税金，各项指标继续保持国内医药行业领先地位。（凤凰健康）
