《工作制度》共二十一条，明确了保健食品的监管对象、监管人员，梳理了各级监管部门的监管职责，日常监督检查原则、程序、内容、检查频次，规定了监督检查中发现问题的处理方式和要求。
《工作制度》要求各级食品药品监管部门按照“属地负责、全面覆盖、风险管理、信息公开”的原则，分类分级地开展日常监督检查工作。山西省局负责指导全省保健食品生产经营的日常监督检查，市、县局负责实施本行政区域内保健食品生产经营日常监督检查。市、县级食品药品监管部门应当编制年度日常监督检查计划，确定检查事项、检查方式、检查频次以及抽检保健食品种类、抽查比例等内容。检查计划应当向社会公开。
《工作制度》明确日常监督检查要采取双随机的原则，即随机选取生产经营者、随机抽取监督检查人员，采用书面检查和现场检查的方式进行。各级食品药品监管部门依据相对人信用等级、许可办理等情况，确保保健食品生产企业每半年至少检查一次，保健食品经营者每年至少全覆盖检查一次。同时，鼓励保健食品生产经营者选择第三方专业机构对自身的生产经营管理体系进行评价，评价结果作为日常监督检查的参考。
《工作制度》提出，各级监管部门要及时汇总日常监督检查的信息，分析日常监督检查制度的执行情况，评估日常监督检查制度开展的效果，不断修订和完善日常监督检查制度。
