与原来的规定相比，《办法》主要有“五取消”“四调整”“四加强”方面的变化。“五取消”：一是取消部分前置审批材料核查；二是取消许可检验机构指定；三是取消食品生产许可审查收费；四是取消委托加工备案；五是取消企业年检和年度报告制度。“四调整”：一是调整食品生产许可主体，实行一企一证；二是调整许可证书有效期限，将食品生产许可证书有效期限由原来的3年延长至5年；三是调整现场核查内容，申请保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方乳粉生产许可，在产品注册时经过现场核查的，可以不再进行现场核查；四是调整审批权限，根据食品安全风险，将部分食品生产许可权限由自治区食品药品监管部门逐步下放至地（州、市）级食品生产监管部门。“四加强”：一是加强许可档案管理；二是加强许可后监督检查；三是加强审查员队伍管理；四是加强信息化建设。
按照《办法》规定，新获证及换证食品生产企业，应当在食品包装或者标签上标注新的食品生产许可证编号，不再标注“QS”，而是标注“SC”（“生产”的汉语拼音字母缩写）。食品生产企业存有的带有“QS”标志的包装和标签，可以继续使用至2018年10月1日。2018年10月1日起，食品生产企业生产的食品不得再使用原包装、标签和“QS”标志。
