新奖励办法规定举报违法事实的按该案货值金额3%-6%给予奖励；举报线索的按金额2%-3%奖励；举报案件金额无法计算，但涉及责令停产停业、吊销许可证等，可视情给予200-2000元奖励。以上举报奖励的奖励金额最低不低于200元。举报人有特别重大贡献的，经市食安办主任办公会议审议同意，奖励额度可以不受上述限制，但最高原则上不超过30万元。此前施行的《上海市食品药品监督管理局举报有功人员奖励办法》，食品药品违法行为举报有功人员的奖励金额最高为20万元。新奖励办法将最高奖金增加10万元，意在鼓励社会各界参与食品安全违法犯罪行为的群防群治，助力监管部门拓宽监管信息渠道、搜集案件线索、增强发现和打击违法犯罪的效能。同时，为鼓励更多举报人尤其是企业内部的“深喉”举报，新奖励办法还首次明确，属于食品生产经营单位内部举报的，奖金所占对应案件认定货值金额的比例，可再上浮1%到2%。
为保护举报者的合法权益，新奖励办法允许举报人通过实名、隐名、匿名等3种方式举报。其中隐名举报，即举报人不提供真实姓名或名称，但提供其他能够辨别其身份的代码，如身份证缩略号、电话号码、网络联系方式等，食品安全监管部门可通过上述代码与举报人取得联系并发放奖励。
2015年，上海市食品安全监管部门共落实有奖举报件数共计995件，奖励金额共计84.3万元。
