科技计划管理权归属专业机构
建立公开统一的国家科技管理平台是本次科技计划管理改革的一大亮点。该平台包括联席会议制度(一个决策平台)，专业机构、战略咨询与综合评审委员会、统一的评估和监管机制(三大运行支柱)和国家科技管理信息系统(一套管理系统)。
本次科技计划管理改革的的另一大动作是去除政府各部门对具体项目的直接管理权，交由专业机构进行管理。其具体任务包括通过统一的国家科技管理信息系统受理各方面提出的项目申请，组织项目评审、立项、过程管理和结题验收等，对实现任务目标负责。
而这些专业机构主要包括对现有具备条件的科研管理类事业单位进行改造，形成若干符合要求的规范化的项目管理专业机构，同时鼓励具备条件的社会化科技服务机构参与竞争。
建立新的科技计划体系
在对中国现有科技计划的实施和管理情况进行深入调研的基础上，科技计划管理改革方案提出优化中央财政科技计划布局，整合形成五类科技计划。分别是国家自然科学基金、国家科技重大专项、国家重点研发计划、技术创新引导专项(基金)、基地和人才专项。
其中，国家重点研发计划指将科技部管理的国家重点基础研究发展计划、国家高技术研究发展计划、国家科技支撑计划、国际科技合作与交流专项，发改委、工信部共同管理的产业技术研究与开发资金，农业部、卫计委等13个部门管理的公益性行业科研专项等，整合形成一个国家重点研发计划。
国家自然科学基金主要用于资助基础研究和科学前沿探索，支持人才和团队建设。国家科技重大专项聚焦于国家重大战略产品和产业化目标。
技术创新引导专项(基金)是指按照企业技术创新活动不同阶段的需求，对发改委、财政部管理的新兴产业创投基金，科技部管理的政策引导类计划、科技成果转化引导基金，财政部、科技部等四部委共同管理的中小企业发展专项资金中支持科技创新的部分，以及其他引导支持企业技术创新的专项资金(基金)进行分类整合。
基地和人才专项指对科技部管理的国家(重点)实验室、国家工程技术研究中心、科技基础条件平台、创新人才推进计划，发改委管理的国家工程实验室、国家工程研究中心、国家认定企业技术中心等合理归并，进一步优化布局，按功能定位分类整合。
强化监督管理
为对中央财政科技计划工作进行监督，科技部与财政部同步下发了《中央财政科技计划(专项、基金等)监督工作暂行规定》(下称《通知》)。《通知》要求加大对科研违规行为的惩处力度，通过构建科研信用体系，并加强与其他社会领域信用体系的衔接，实施联合惩戒机制。
《通知》要求科技计划相关管理部门负责管理科技计划及资源配置的科学性、规范性，科技计划的实施绩效;项目管理专业机构管理工作的科学性、规范性，及其在项目管理过程中的履职尽责和绩效情况进行监督。
此外，《通知》还要求科技计划相关管理部门对项目承担单位法人责任制落实情况、项目执行情况及资金的管理使用情况;参与科技计划、项目咨询评审和监督工作的专家，以及支撑机构的履职尽责情况;科研人员在项目实施和资金管理使用中的科研诚信和履职尽责情况进行监督。
根据《通知》，各类科技计划、项目组织实施的各个环节都应当明确责任主体。按照谁主责谁接受监督、权责对等的原则，各责任主体都要自觉接受监督。其中，科技部、财政部是监督工作的牵头部门;有关部门和地方应当加强监督工作;项目管理专业机构主要负责对科技计划、项目的日常监督。
