“清源”行动以食品安全风险多发的重点养殖种植企业（合作社）、屠宰厂（场）、食品生产加工小作坊、商品集散地、农贸市场、批发市场、冷冻食品仓库，以及城乡结合部、农村地区等为重点部位和区域；以畜禽养殖、屠宰、销售，水产品养殖、运输、贮存，蔬菜瓜果种植、运输、贮存，食品小作坊生产、销售等为重点环节；以肉制品、水产品、蔬菜瓜果、豆制品、调味品、酒类、蜂产品、保健食品等为重点品种。
“清源”行动分三个阶段实施：
一是排查抽检阶段（2015年12月18日至2016年1月10日）。根据“两节”和冬季食品安全的规律特点，对城中村、城乡结合部、地域结合部以及废旧仓库、出租房屋、冻库等重点区域和部位，主动调查摸排，集中梳理排查，广泛发动群众提供线索。同时，结合食品安全风险监测和评价性抽检，在前期摸排梳理的基础上，有针对性的对重点领域、重点环节和重点品种进行抽检。
二是打击整治阶段（2016年1月11日至2月25日）。各级农产品质量安全、食品安全监管部门和公安机关要强化行刑衔接工作，加强协调配合，对前期掌握和摸排抽检阶段发现的违法犯罪线索，积极开展联合执法、检打联动，形成打击食品安全违法犯罪工作合力。
三是总结阶段（2016年2月26日至3月1日）。“清源”行动结束后，各市食安办、市食品药品监管局等部门进行总结，查找问题和不足，研究下步工作对策，进一步完善食品安全监管和打击整治长效机制。
