在意见中明确了具体时间表：2015年底前，各地要全面取消社会保险行政部门实施的两定资格审查项目。各统筹地区要在认真总结经验的基础上，完善经办机构与医药机构的协议管理，提高管理服务水平和基金使用效率，更好地满足参保人员的基本医疗需求。
全面实施协议管理
《意见》规定，各类药店和医疗机构可对医保资格资源申请，而统筹地区人力资源社会保障部门要及时公开医药机构应具备的条件。从重准入转向重管理，着重加强事中、事后监管，通过服务协议明确经办机构和医药机构双方的权利义务，规范医药机构服务行为，完善退出机制，提高管理效率。
统筹地区人力资源社会保障部门要制定医药机构评估规则和程序。根据评估结果，统筹考虑医药服务资源配置、服务能力和特色、医疗保险基金的支撑能力和信息系统建设以及参保人员就医意向等因素，与各类医院和药店平等沟通、协商谈判。要根据“公平、公正、公开”的原则，鼓励医药机构在质量、价格、费用等方面进行竞争，选择服务质量好、价格合理、管理规范的医药机构签订服务协议。双方签订的服务协议，应报同级社会保险行政部门备案。
从地方此前改革措施来看，协议管理的方式一般不限制机构数量、不限制准入时间，有利于市场机制的发挥、政府的管理成本也相对较低，其中核心是定点机构遴选标准、协议周期，这是影响药品和医疗市场的利益分配，尤其是定点机构遴选标准的设计，在未来各省市落实人社部的政策，将成为改革中的矛盾焦点。
协议管理也成医保控费手段
在《意见》中，有条件的地方可以通过长期协议与短期(如年度)协议相结合的办法探索动态协议管理。经办机构和医药机构双方的基本权益和义务，购买的医疗、药品服务范围等可在长期协议中约定;医药机构一段时期(如年、季度、月)提供的服务量、付费方式、付费办法和标准、考核指标以及其他管理要求等可在短期协议中明确。
实际上是协议周期有所考虑，但是一年还是两年甚至更长时间仍有待各地细化，调整过于频繁增加政府管理成本，但是长期不调整则不利于增加市场竞争。此外，《意见》还要求服务协议除应包括服务人群、服务范围、服务内容、服务质量、费用结算、违约处理等基本内容外，要适应预算管理、付费方式改革、医药价格改革、医保医疗行为监管、异地就医结算等政策和管理要求，进一步细化总额控制指标、具体付费方式、付费标准、费用审核与控制、药品和诊疗项目以及医用材料管理、监督检查、医保医生管理、信息数据传输标准等内容，并根据医保政策和管理的需要及时补充完善。
给医药市场带来巨变
这点需要特别关注，具有相当大的信息量。大家可以设想这样一个局面，未来医保部门对医院管理将变成这样：我这里有1个亿，你给我服务辖区内500万人口的基本医疗，做多少手术，解决什么样的重症等等，总而言之，医保部门付多少钱，让医院完成什么样的指标明码标价，如果医院愿意，那么，签订协议，不愿意，可以找另外一家医院。公立医院找不到，找民营，总能够找到合适的医院。在医保费用就这么多的情况下，总能够找到医院接单。
这将发生什么?在总额预付和政府购买服务的情况下，医保费用一定，服务质、量等都有硬性规定的情况下，药品费用对公立医疗机构来说是必须严格控制的成本，而不再是医疗机构的盈利中心，医疗机构管理者不得不主动的严格控制医生的处方行为以降低药品费用带来的成本压力。现在药品价格越高卖得越好的规则将失效，医院会主动要求医生选择最为经济有效的药品，既不是越贵越好，也不是越便宜越好，而是最符合经济学的药品。
