《办法》细化了重大案件的五个范围：一是涉刑案件：移送公安部门追查或司法部门追究刑事责任的涉嫌食品药品犯罪案件；二是涉毒案件：涉及药品类易制毒化学品、兴奋剂、含特殊药品类复方制剂的流弊案件；违法违规生产、经营或使用特殊管理类药品（麻醉药品、精神药品、毒性药品、放射性药品）的案件；使用非食用物质加工食品案件；三是涉案金额较大案件：涉案货值金额100万元以上（含100万元）的案件；四是撤证吊证案件：违法违规情节严重，依法需要吊销或撤销食品药品监管部门颁发的许可证、批准证明文件的案件；五是其他类案件：市县两级食品药品监管部门认为应及时报告的案件，如社会舆论关注、情节特别恶劣、跨区域且案情复杂疑难的案件等。
《办法》还明确了重大案件的受理机构，报告方式及报告时限；实行“属地管理、分级负责”的原则，以文函督办、会议督办为主，其他方式为辅的方式进行督办。
