《办法》明确，由省食安委员会具体组织实施省政府对各设区市政府年度食品安全考核评价工作。评价内容包括年度责任书、工作要点、重点工作以及省政府、省食安委部署的相关工作完成情况。对发生Ⅱ级及以上重大食品安全事故和发生区域性、系统性食品安全事件，造成特别严重社会影响的实行一票否决。《办法》一改往年年终一次考核定成绩的做法，注重对过程性工作的考核力度，每年开展两次督查或暗访，并将督查和暗访情况计入年度考核。省食安办及部门评议，由省食安办和公安、农林渔、卫生计生、检验检疫等省级部门对各设区市年度工作进行评分。满意度，由第三方机构对各市公众食品安全满意度进行评测。加减分和一票否决事项对应由省食安办主任办公会议和省食安委全体会议审定。
《办法》规定，总成绩低于75分或者存在一票否决情况的，为考核不合格。高于75分的按照排名顺序确定考核等级，其中前3名为优秀，第4至8名为良好，第9至11名为合格。省食安办负责对考核评价结果进行汇总，经省食安委全体会议审议通过后，向全省通报。
《办法》还规定，考核结果纳入对地方党政领导班子和领导干部实绩考核评价的重要内容。
