该局先后制定并下发《关于进一步加强食品生产加工小作坊监管工作的指导意见》、《食品生产加工小作坊界定相关依据》、《温州市食品生产加工小作坊备案管理制度》等，全面推进食品生产加工小作坊监管改革，并根据“程序上自创，文书上自编，时效上长效，办件上提速，监管上创新”的工作要求，全面推行“负面清单、登记备案”管理制度。
通过制订温州市“负面清单”，明确小作坊不能涉及的12类食品生产加工。按照商事制度改革精神，对“负面清单”之外实行“先照后备、告知承诺”式登记备案，大大提高了小作坊监管的指向性和监管的有效性。
目前，该市已摸清食品生产加工小作坊底数1143家，建立小作坊档案432个，完成小作坊备案（许可）387家（其中许可的179家），改造提升为食品生产企业2家，取缔生产条件不符合小作坊及黑窝点小作坊60家。
下一步，温州市还将严格按照餐桌安全治理行动和“三小一市场”整治提升的统一部署，督促指导各地开展的小作坊专项整治，从清查建档、“负面清单”制度、分类管理、常态监管、风险管控和政策引导等六个方面入手，全面加强食品生产小作坊监管工作，并实现小作坊纳入监管率达100%，承诺率达100%，从业人员健康证明率达100%，食品质量抽检率达90%以上，确保辖区内小作坊食品质量安全。
