目前在零售端或者网上药房，确实存在处方药购买管理不严格的问题，一些药店甚至只需要用户登记信息就可以购买处方药，并不需要真正出具处方。网上药房也是一样，虽然设置了药师询问的功能，但有时候只需要简单问讯就可以买到处方药，并没有严格管理处方的机制。在这样的大环境下放开零售端处方药销售，很可能会增加用药安全的风险，加大医保基金滥用的可能性。因此，要放开零售端处方药，真正让零售端发挥控制费用和服务的作用，严密的合理处方管理是必须的前提。
零售端处方的风险主要有几个方面。首先是假处方。虽然各地政府有对处方形式上的规定，比如颜色，处方类别和格式之间的区分等，但这更多是外表上的，关键问题是处方并没有在一个集中平台上统一并进行电子化认证和管理。因此，线下购买所出示的纸质处方很容易伪造。近年来媒体就多次报道过零售药房或者一些医疗机构伪造处方骗保的事情。
然后是医疗机构和零售药房之间利益联系很可能会导致的药品滥用问题。在基层医疗机构，目前的普遍问题是药品零差率后导致基层失去了一大块收入，而政府的补贴往往又不能到位。基层往往受困于药品不足，因此在一些地区就出现了医疗机构成为开药机构，同时选定一家或几家零售药房销售这些处方药，再返点给医疗机构的情况。这样的利益链条非但不利于基层医疗机构提升自己的服务能力，反而会沦为不合理用药和滥用的重灾区，加大支付方的压力。因此，如何从源头上管理好医生合理开处方，并且加大医保卡反欺诈力度，防止一卡多用，用营养品替代药品这种猫腻行为。
同时，药剂师匮乏也会给开放零售端处方药带来很大挑战。2013年底，中国约有27万多执业药师，不到70%在零售药店工作，大部分药店虽然悬挂药师资格证书，但很多时候执业药师并不在药房里，药师缺口超过20万。在这样的背景下，一旦放开零售端处方药，很多药店根本没有专业的药剂师在现场审核药方，将更有可能为假处方和不合理处方留下漏洞。
这些风险因素可能会增加滥用药的可能性，给医保基金带来很大的压力。因此，如果要放开处方药的零售市场，必须在支付方和零售端都设置严格的合理用药管理体系，进行精细管理。这种处方管理首先需要在处方源头上进行严格的电子系统管控，包括格式、认证、真假辨认等，这样才能保证处方流出医院到达零售端之后可以鉴别真假。这一点可能是最困难的。因为目前的处方并没有从医院到零售端这条通道，而且中国的处方都是纸质的，根本无从管理从医生到零售端这个过程的真实性。要搭建这样的通道非常困难，意味着需要从数据端接入医院的系统，且不论医院是否愿意这样做(这等于逼迫他们让出处方收益的一大块)，就单从医院HIS系统的五花八门这一点，就可以预见搭建这条信息通道的困难。
同时，在管理处方合理性本身，需要专业化的第三方公司通过技术和人工手段对处方进行严格管理，不仅从医生端控制不合理处方、错误处方和药品滥用，还需要在这些处方到达零售端的时候，再次审核其合理性和真实性。这不仅要求第三方公司自身积累大量的合理用药信息库，还要求第三方公司能够建立医院、零售端和支付方之间的信息互通，这一点相比合理用药系统本身可能更加困难。
总结来说，要放开处方药零售，最大的风险是处方的严格管理，防止假处方、欺诈以及错误处方导致滥用医保基金，加大支付方的压力。这里存在第三方处方管理的机会，但最大的困境是如何打通处方从医生端到零售端以及支付方之间的信息沟通并进行管控，并非一蹴而就。
