一是审批职能“三集中”，群众办事更方便。改革之前，食品药品审批项目多达26个大项150小项，实行审批职能“三集中”（即审批职能向行政审批办公室集中，行政审批办公室向省政府政务服务中心窗口集中、行政审批事项向电子政务平台集中）后，审批事项由一个机构专门办理，所有办事时限减少一半以上，审批效率大大提高。
二是审批查“三分离”，权力运行更规范。改革前，技术审评、行政审批、监督检查三个环节，主要由每个业务处室具体承担，实行制度改革后，将审、批、查相互分离，坚持审的不批，批的不查，环节之间相互监督。在审核环节建立了“专家库”，审核时，从专家库中随机抽取，防止暗箱操作。为使每一个审批环节更加规范，先后出台了《安徽省食品药品监督管理局行政审批工作规程（试行）》、《审批办内部管理设置和人员分工》等20多项制度，使“审批权力运行到哪里，监督制约就到哪里”。
三是审批监管两促进，监管成效大提升。实行审、批、查三分离后，日常监管和行政审批的分离，使相关业务处室从繁杂的行政审批工作中解放出来，将日常巡查和监管作为工作重心，“飞行检查”频次大大提高。
2014年以来，食品生产监管环节共实施飞行检查233家次，发现并处理问题企业118家。这些检查极大地震慑了制售假冒伪劣食品药品行为，促进了食品药品生产经营秩序进一步规范。
