专家认为，药房托管并非包治“药价虚高”的良药，作为有益有效探索，在降低药价等方面的成效值得肯定，而药价形成机制的改革，恐怕需要“路径再造”。
有人认为，药房托管是变相的“二次议价”，实质上将暗扣变明扣的不合法行为合法化了。实践中，有的医疗机构要求托管方药品价格供货价，直接在中标价基础上下浮，有的还由托管方提供派人员到药剂科发药等增值服务。在湖北省卫计委牵头制订药房托管指导意见颁布前，药房托管履约保住金越收越高，药品折扣比例越要越大。如某县医院年药品采购量不足5000万元，却要求受托方履约保证金上亿元，某市要求受托方提供与药品年销售金额等值履约保证金外，还要求高达26%的药价折扣。
正是由于这些问题，药方托管近年出现不少投诉，主要反映医院收取托管方保证金及保证金使用不规范、不透明，托管企业极力挤压药品生产企业价格，企业利益受到损等，还一定程度上形成垄断经营，挤压中小企业生存空间。
“中小药品企业并非坚决反对药房托管。”湖北省卫生计委一位负责人表示。在深入沟通后，反对企业也认为，如有可能也愿意参与药房托管。
实际上，部分药品流通企业反对托管的真实原因，一是要收取巨额履约保证金，动辄数千万元，多则上亿，小企业根本玩不起;二是托管招标有“名堂”，“千招标万招标，关键时刻不如领导一张条”，药房托管赢者通吃，败则“卖药无门”，因此各种公关手段层出不穷。
药房托管会否加重商业贿赂?有专家认为，由于受托方支付高额托管成本，压缩药品回扣空间，从而遏制医生收受回扣。而无论是履约保证金还是药品折扣都属于“账内明折明扣”，不是“帐外秘密给付”，不属商业贿赂。
有人认为垄断纯属无稽之谈，只要规范运作就属正常竞争。湖北省医药行业协会一位负责人说，药房托管一般采取公开招标或定向邀标方式进行，实力弱小企业被排除在外，属于正常市场竞争。
至于转嫁成本给患者，更被指“转移视线”。湖北省医药行业协会一名负责人说，医院药品售价国家已确定，无论是医院还是受托企业，无法抬高药价转嫁给患者。而实施托管的医院药品未顺加15%销售，患者还会从中受益。
可压缩药品巨大回扣空间，正说明药品价格形成机制改革的迫切性。药企承担履约保证金的资金成本和8%至20%返利绰绰有余。至于反对者认为药房托管不是真正意义上的“医药分开”，不能根治“以药养医”弊端。有专家认为，目前业界对医药分开，根治“以药养医”未形成一致意见。在政府补偿无法到位的情况下，医院逐利行为永远存在，反对药房托管是打着改革的旗号反对改革。
此前，取消药品加成的医疗机构普遍对药房托管积极，托管在降低药品费用、筹集医院发展资金、压缩回扣空间等方面的益处明显。
首先，药房托管在一定程度上降低了药品费用。武汉市蔡甸区人民医院、孝感市孝昌县人民医院、钟祥市人民医院单张处方药品金额、门诊人均费用都有所降低。荆州市惠民医院药房实施全托管后，各种药品价格均低于市场零售药店15%到20%。鄂州市三医院实施药房托管后药品销售价格降低了27%。钟祥市人民医院药品采购价在省中标价基础上下降8%以上，日均让利1.1万元。
其次，在一定程度上提高了药品配送集中度和配送率。托管前各家药品供应商都去争抢回扣空间大、促销费用多、销量大的临床品种，导致许多质优价廉常用药品断档。药房托管后，受托方追求整体收益而非少数品种，供应更有保障，一般药品1-3小时内能配送到位，急救药品和临床急需药品在0.5-1小时内能配送到。
同时，医院获得了部分利益。托管通过收取企业保证金、返点维持部分药品收入。部分医院因更新改造、扩大规模需大量资金，在政府投入不足情况下，也可通过收取托管费用等方式筹集资金。钟祥市人民医院实施药房托管后，托管企业向医院交纳了8200万元药品保证金，改善医院仓储和办公条件等。公安县人民医院整体搬迁需大量搬迁费用，托管企业给予6680万元3年无息贷款，另返点20%。
此外，压缩回扣空间。药房托管以后，托管方药品经营企业支付了巨额保证金，需要承担较大资金成本，会压缩药品生产企业促销成本，医生收到药品回扣相应减少，医生处方行为受回扣刺激影响减弱。
专家认为，药房托管在许多医院的成功，正好印证了对“以药补医”政策的误读以及放开“二次议价”的可行性。
日前湖北省卫计委牵头制订指导意见规范药房托管的行为，对过高履约保证金进行限制，不得超过受托方上年度药品销售总金额的10%，有效期限一般不得超过3年，并对履约保证金和药房托管产生的利润使用进行严格规定。“委托获得的药品利润不得用于本单位建设、人员工资和奖金。”
这一意见下发后，医院托管积极性受到抑制，湖北西部某县级市完药房托管招标，最后取消了托管计划。
当前公立医院改革工作中，公立医院普遍认为政府投入不足，改革积极性不高。卫生计生委专家建议，公立医院改革应按照“规划总量、盘活存量、明确增量”原则，对公立医院规划和建设进行结构调整，适当减少公立医院数量，适当缩小规模，明确政府投入边界，并保证财政投入及时到位。在此基础上，应规范公立医院行为，保证体现公益性。而鼓励社会资本办医，逐步破除公立医疗机构垄断，促进医院合理竞争是方向。
有专家认为，简政放权，按照市场在资源配置中起决定性作用和更好发挥政府作用的总要求，将集中采购中标价作为最高限价，允许医疗机构二次议价获得合理差价，最高限价根据实际成交价动态调整，是缓解甚至解决当前医药领域药价虚高、商业贿赂盛行等突出问题行之有效的办法。（经济参考报）
