2009年版目录，中药产品种类从823扩大到987，数目提升19.9%，西药产品种类从1031扩大到1164，数目提升12.9%。针对新版目录如何扩容的问题，一直是行业关注的焦点。
国家医保目录自2009年后再也没有调整过，此次调整亦是众望所归。对于哪些中药应该被调整进入医保目录，目前还没有明确的规定。
中国中医科学院首席研究员孙树椿认为，新版目录扩容应遵循中西药并重原则，兼顾中医用药因地制宜，因时制宜的特点，扩大中成药目录，为临床中医师提供更多的选择，扩大目录品种范围，不会导致医保费用增加，虽然选择多，但临床医师处方范围有限。目录遴选针对中医药的优势病种应有所倾斜，如骨伤疾病。
中国中医科学院西苑医院安效先主任建议，根据国家政策支持方向和流行病学研究，新版目录中也应扩容儿科类中药品种。中国中医科学院望京医院院长朱立国指出，中医药理论决定了不同的病人、不同的病、病的不同阶段要采取不同的治疗方法、需要不同的药。
如果限制只能使用一种或者几种药，就大大限制了中药的使用，影响了临床疗效；现在临床常出现这种情况，就是医保里有什么药就用什么药，而不是根据病情来选择，这是不合理的，既影响疗效，也造成了浪费。
目前医保目录中部分产品的功能与医保目录的证型分类不一致，例如：某产品功能为益气养阴、活血化瘀，而医保证型分类为益气复脉剂；部分疾病的主要证型在医保目录中暂未体现，例如：医保目录中目前遴选的治疗心律失常的药品主要针对虚证如气虚血瘀型，但随着疾病谱的变化，以实证为表现的心律失常患者越来越多。北京中医药大学教授季绍良指出，新一轮医保目录仍应按功效进行分类，但应更加科学，尊重事实，兼顾疾病谱变化规律，合理划分。
2012版《国家基本药物目录》对品种、剂型、规格都进行了明确的限定，有利有弊，新版新医保目录应如何对待该问题。北京中医药大学教授杜守颖认为，应参考新版《基本药物目录》按照“品、剂、规”三个层面遴选品种。关于剂型选择，应按照中医药理论和用药需求，遴选适宜的剂型，满足临床现实需求。
