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找到基因组的“原主”

放大字体  缩小字体 发布日期:2013-02-05  浏览次数:147
基因组测序技术的发展,促使越来越多个体基因组序列被测定,不知大家有没有留意过这些样品来源的志愿者,不过现在Whitehead生物医药研究院的一组研究人员指出通过简单的网络搜索,就可以找到这些捐赠DNA的匿名志愿者了。

基因组测序技术的发展,促使越来越多个体基因组序列被测定,不知大家有没有留意过这些样品来源的志愿者,不过现在Whitehead生物医药研究院的一组研究人员指出通过简单的网络搜索,就可以找到这些捐赠DNA的匿名志愿者了。

这项发表于1月18日Science杂志上的研究成果引发了诸多争论,作者认为,让科学家们难以利用到个人基因组资料,会阻碍科学的进步,其实重点应该在于教育捐赠者有关遗传学研究的风险和好处,并且制定恰当使用这些遗传学信息的法规。

领导这一研究的是Whitehead生物医药研究院计算遗传学家Yaniv Erlich,他表示,参与公共测序项目的志愿者们一般都被告知,这种匿名性并没有100%的保证,但其身份被泄露的风险很小,可以忽略不计。

然而,在一篇发表于2005年的华盛顿邮报新闻中,一个十几岁的男孩通过在线族谱搜索工具,找到了其精子捐赠的父亲,这说明这种风险性可能还是比较高的。这篇新闻报道称,这个男孩将其DNA样品提交给了一个家谱搜索服务部门,后者利用男孩的Y染色体中的重复序列,在自己的序列数据库中寻找想匹配的人,虽然这个搜索并没有直接找到他父亲,但是却搜索出了两名同姓的男子。追踪这个信息,男孩就能找到并联系上他的父亲。

“我们听说了这个故事,就想,哇,这可能是对个体基因组(隐私)的一个威胁,”Erlich说。

为了验证要找到DNA捐赠者的身份是否十分容易,Erlich研究组研发了能从全基因组序列中检索Y染色体重复的软件,通过寻找这些重复序列,他们就能进行家谱搜索了。“然后我们就想,尝试一下Craig Vente的基因组搜索吧,结果它起作用了!”

研究人员在Ysearch.org中搜索可用的家谱序列数据库,果然,通过这一迄今为止最强的匹配,他们找到了来自英格兰林肯郡的Venter,将这个姓氏,与Craig Venter的年龄和居住地结合起来(这两种信息一般与匿名人基因组序列一起公布),然后研究人员利用网上公开记录,USsearch.com,就将范围缩减到了两个人,其中一个就是Craig Vente。

之后他们通过进一步以实验,利用他们的软件搜索DNA序列的志愿者,通过年龄和所在地的匹配对每一个姓氏可能的个人进行了确认,结果确定了大约50名志愿者的身份。Erlich说,“最重要的一点,是一切都公开。我们没有入侵任何数据库,我们也不需要任何特殊的密码。”

虽然要识别某个人的身份的几率依然很低,但是这项研究提出了是否还需更多注意捐赠者意思的问题,不过来自哈佛医学院的遗传学教授George Church(未参与该项试验)表示,这没有多大意义,“可以尝试修改协议”,比如保留参加者年龄等信息,“但是这只是蒙上一层纱布,最终还是很容易找到他们,”他说。(生物谷Bioon.com)


基因组找到基因组的“原主”


 
关键词: 基因组
 
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