西药编码分6个部分共23位，通过大写英文字母和阿拉伯数字按特定顺序排列表示，其中：
第1部分是西药药品识别码。用1位大写英文字母“X”表示。
第2部分是西药药品类别码。根据药品活性物质治疗解剖系统、治疗用途及药理学作用划分，分为4个层级，共5位。第1层器官/解剖系统分类采用1位大写英文字母表示，第2层药理学/治疗学分类采用2位阿拉伯数字表示，第3、4层化学/药理学/治疗学分类分别采用1位大写英文字母表示。
第3部分是西药药品名称码。西药药品名称采用中文通用名称（不含剂型），原则上不包含命名中的盐基、酸根部分。该码由药品名称拼音首字母码和药品名称码两部分组成，共4位。其中药品名称首字母码用1位大写英文字母表示，药品名称码用3位阿拉伯数字表示。
第4部分是西药药品剂型码。西药药品剂型除个别使用《国家基本医疗保险、工伤保险和生育保险药品目录》（2017年版）中规定的剂型外，均为药品注册的剂型。该码由剂型类别码和药品剂型码2部分组成，共4位。其中剂型类别码用1位大写英文字母表示，药品剂型码用3位阿拉伯数字表示。
第5部分是西药药品规格包装码。药品规格为药品注册批件的规格，药品包装为药品补充申请批件的包装。该码由规格码和包装码2部分组成，共4位。其中，规格码用2位阿拉伯数字或大写英文字母表示，包装码用2位阿拉伯数字或大写英文字母表示。
第6部分是西药药品企业码。药品企业为药品注册批件的生产单位或公司名称。西药药品企业码为国家药品监督管理部门药品本位码中的5位药品企业代码。
图2 中成药编码结构
与西药编码类似，中成药编码亦分5个部分共20位，通过大写英文字母和阿拉伯数字按特定顺序排列表示，其中：
第1部分是中成药药品识别码，用1位大写英文字母“Z”表示。
第2部分是中成药药品类别码。根据中成药功能主治划分，采用层次分类结构，分4个层级，共5位。第1层功能主治采用1位大写英文字母表示，第2层功能主治分类采用2位阿拉伯数字表示，第3层功能主治分类采用1位大写英文字母表示，第4层功能主治分类采用1位大写英文字母表示。
第3部分是中成药药品名称码。中成药药品名称采用中文通用名称（含剂型），该码由药品名称首字母码和药品名称码2部分组成，共5位。药品名称首字母码用1位大写英文字母表示，药品名称码用4位阿拉伯数字表示。由于中成药药品名称中包含品种剂型，故不再对中成药剂型另行赋码。
第4部分是中成药药品规格包装码，药品规格为药品注册批件的规格，药品包装为药品补充申请批件的包装。该码由规格码和包装码2部分组成，共4位。其中规格码用2位阿拉伯数字或大写英文字母表示，包装码用2位阿拉伯数字或大写英文字母表示。
第5部分是中成药药品企业码。药品企业为药品注册批件的生产单位或公司名称，该码为国家药品监督管理部门药品本位码中的5位药品企业代码。
