2016年5月中旬至7月上旬，总局党组第一、第二巡视组对中检院等6家直属单位进行了巡视。巡视组认真贯彻《中国共产党巡视工作条例》及总局党组巡视工作方案要求，以习近平总书记系列重要讲话精神为镜子、以“四个意识”为标杆、以党章党规党纪为尺子，突出坚持党的领导，聚焦全面从严治党，紧扣“六项纪律”，紧盯“党的领导弱化、党的建设缺失、全面从严治党不力”等问题，紧抓“重点人、重点事、重点问题”，从严从实开展巡视监督。通过广泛开展个别谈话，认真受理群众来信来访，调阅有关文件资料，深入了解情况，发现问题、形成震慑，顺利完成了巡视任务。总局党组听取了巡视组的巡视情况汇报，党组书记、局长毕井泉对巡视工作给予高度评价并对下一步工作提出了明确要求。
巡视组反馈指出，党的十八大以来，中检院等6家直属单位能够严守政治纪律，重视加强党的领导，贯彻落实中央及总局党组的重大决策部署，努力推进中心业务工作，取得了一定成效。巡视也发现了一些问题，主要是：党的领导弱化，贯彻落实中央及党组决策部署不够有力；党建工作缺失，基层党组织战斗堡垒作用发挥不足；全面从严治党不力，廉洁风险突出。同时，巡视组还收到反映个别领导干部的问题线索，已按规定转有关部门处理。针对巡视发现的问题，巡视组提出了相应的意见建议。一是增强“四个意识”，不折不扣贯彻落实中央要求和总局党组决策部署；二是加强党的领导，把党建工作摆在重要位置，坚决纠正重业务、轻党建倾向，实现党务和业务的互融共进；三是贯彻全面从严治党要求，切实履行“两个责任”。
吴浈、焦红、孙咸泽、郭文奇等总局分管领导在各单位巡视反馈会议上强调：本轮巡视突出政治巡视的要求，发现了不少问题。巡视组反馈的内容，代表着党组的意见和要求，各被巡视单位党组织要高度重视、认真整改。一要深入学习贯彻习近平总书记系列重要讲话精神，增强管党治党的责任意识，结合“两学一做”学习教育，把全面从严治党的要求贯彻落实到每个党员；二要认真抓好整改落实，按照“条条要整改、件件有着落”的要求，逐条对照巡视发现的问题，细化整改方案，狠抓整改落实，按时报告整改情况；三要切实履行巡视整改主体责任，加强组织领导，强化制度约束，确保整改取得扎实成效，以整改促改革、以改革促发展，推动食品药品监管事业的健康发展。
中检院等6家被巡视单位党组织主要负责同志表示，总局党组巡视是对单位的一次“政治体检”和党性洗礼，对巡视指出党的领导弱化、党的建设缺失和全面从严治党不力等方面的问题，要认真学习领会，不断反思检查，不折不扣地抓好整改和落实。
