2013年11月6日，《国家食品药品监督管理总局行政复议办法》（国家食品药品监督管理总局令第2号）经国家食品药品监督管理总局局务会议审议通过，予以公开发布。该办法将于2014年1月1日起施行。
国家食品药品监督管理总局成立后，结合监管体制改革和工作实际，对原国家药品监督管理局《行政复议暂行办法》（国家药品监督管理局令第34号）进行了修订，将《暂行办法》中由行政复议委员会研究决定的事项，改为由局长办公会承担。从工作实际出发，对案情重大、复杂等需要提交总局研究确定的事项，改为由局长办公会议承担，既确保总局对行政复议工作的监督和指导，也利于提高行政复议案件的办案效率。同时，规定总局在法制司设行政复议办公室，具体办理行政复议相关工作。
《国家食品药品监督管理总局行政复议办法》共5章22条。《办法》规定：处理行政复议案件，应当遵循合法、公正、公开、及时、便民的原则，坚持有错必纠，保障法律、法规的正确实施；行政复议审理过程中，被申请人不得自行向申请人或其他组织或个人收集证据；被申请人对其作出的具体行政行为承担举证责任，负责证明作出具体行政行为的事实根据和法律依据；受理行政复议申请不得向当事人收取任何费用，所需经费由国家食品药品监督管理总局专项列支。
